Во мандатот 1998/2002 комисијата се викаше Комисија за европски и евро-атлантски интеграции.
Подоцна, во следните мандати, поточно од 2003 година до денеска се вика Комисија за европски прашања.
Комисијата за европски прашања е основана со Одлуката за изменување и дополнување на Одлуката за основање на постојани работни тела на Собранието на Република Македонија (Службен весник број 30/2003 година), што ја донесе Собранието на Република Македонија на седницата одржана на 18 април 2003 година.
Со Одлуката за изменување на Одлуката за основање на постојани работни тела на Собранието на Република Македонија (“Службен весник на Република Македонија број 86/2005”), што ја донесе Собранието на Република Македонија на седницата оддржана на 6 октомври 2005 година извршена е измена на надлежностите на Комисијата.
Согласно член 60 став 1 алинеја 4 од Деловникот на Собранието на Република Македонија претседателот на Собранието определува работно тело надлежно за разгледување на одделни прашања поднесени до Собранието (матично работно тело). Во долгогодишната собраниска пракса сите предлог-закони со европско знаменце СЕКОГАШ биле разгледувани на Комисијата за европски прашањак како заинтересирано работно тело а не како матично работно тело , НО, СЕКОГАШ, БЕЗ ИСКЛУЧОК тие предлози содржеле коресподентни табели (неизбежно составен дел од предлог закон со кој се врши усогласување со европското законодавство) и НИКОГАШ, НИТУ ЕДНАШ, не било злоупотребено европското знаменце.
За матично тело се определува работното тело во чијшто делокруг, во целост или во поголем дел, спаѓаат прашањата кои се уредуваат со предложениот закон.
Собранието на Република Македонија на седницата одржана на 12 февруари 2013 година донесе Деловник за изменување и дополнување на Деловникот на Собранието на Република Македонија (“Службен весник на Република Македонија” број 23/2013). Овие измени и дополни се однесуваат на разгледувањето на предлог-законите од надлежност на матичното работно тело за финансиите и буџетот, од надлежност на матичното работно тело за економските прашања и на предлог-законите со кои се врши усогласување со правото на Европската унија. Исто така, допрецизирана е постапката за донесување на Буџетот на Републиката и на постапката за измена на Уставот на Република Македонија.
Користејќи односно злоупотребувајќи ги измените на Деловникот во изминатиов период од 2017 година до 2023 година во Собранието се донесоа преку 100-на Закони со европско знаменце па би издвоил некои
– Закон за употреба на јазиците
– Ратификацијата на договорот за пријателство и соработка со Бугарија
– Ратификацијата на Преспанскиот договор
– Ратификацијата на договорот со Бехтел и Енка
– Измена на Кривичниот Законик
Во изминативе 6 години во секој извештај на Европската Комисија за напредок на Република Македонија стои дека е злоупотребено европското знаменце за да се скрати односно избегне дебатата во Собранието за поважни закони .
За надминување на ваквата ситуација со злоупотреба на европското знаменце и бламирање на процесот на усогласување на нашето законодавство со европското законодавство потребно е под итна постапка и со кратка измена на Деловникот во кое ќе се напише дека Комисија за европски пражања ќе ја води пратеник од опозицијата, на тој начин сите партии ќе учествуваат во усогласувањето со европското законодавство, и нема да се протнуваат решенија кои не се европски.
Во таков случај ниедна влада нема да се осмелува да предлага закони без кореспондентна табела и на шверцерски начин ќе внесува решенија кои се неприфатливи кај граѓаните и нема да се бламира процесот на усогласување на нашето законодавство со европско законодавство.
Врз основа на истакнатото, можеме да заклучиме дека е крајно време да се најде начин да се прекине со оваа пракса на злоупотреба на надлежностите на Комисијата за европски прашања бидејќи на тој начин системски се поткопува воспоставената рамнотежа на помеѓу законодавната и извршната власт. Истовремено, пак, во рамките на самиот парламент се девалвира и законодавната и контролната функција на оваа гранка од државната власт. Оттаму, одговорно политичко мнозинство треба да размислува во насока да изнајде начин да ги издигне демократските стандарди во земјата, антиципирајќи ги оправданите критики на јавноста. Еден од тие начини можеби е секогаш кога постојат сомнежи дека ваквата надлежност на ова работно тело се злоупотребува, задолжително да се отвори процес на разговори со опозицијата за да се неутрализираат критиките и да се постигне консензус. Доколку ваков чекор направи актуелното политичко мнозинство во Собранието во однос на актуелната опозиција, веќе утре, кога улогите ќе бидат сменети, овој неформален механизам или пак формалниот механизам кога пратеник од опозицијата ќе ја води Комисијата за европски прашања, ќе биде од голема полза и на таа опозиција. На тој начин, демократски ќе созреваме, а ползата ќе биде само за Македонија.
